為規(guī)范財政農(nóng)業(yè)專項資金管理，增強農(nóng)業(yè)專項資金分配、使用的科學(xué)性和公正性，提高資金使用效益。各級財政部門應(yīng)對擬設(shè)立的農(nóng)業(yè)專項資金進行認真的調(diào)查研究，對設(shè)立專項資金的必要性、政策依據(jù)、具體目標、資金用途、支持對象、支持范圍、起止時間等進行科學(xué)、客觀的評估論證。農(nóng)業(yè)專項資金支持的項目以社會效益和生態(tài)效益為主。如以經(jīng)濟效益為主、能帶動農(nóng)民增收的項目。財政的農(nóng)財部門應(yīng)按規(guī)定的預(yù)算編制時間，將需設(shè)立的補助下級財政農(nóng)業(yè)專項資金報送同級預(yù)算編制部門，并報專項資金的項目支出內(nèi)容。應(yīng)將重要農(nóng)業(yè)專項資金的用途、補助標準及其他要求以項目指南等形式予以公告。農(nóng)業(yè)專項資金執(zhí)行到規(guī)定的期限應(yīng)自動停止。到期后如需繼續(xù)執(zhí)行，應(yīng)按照規(guī)定的程序重新申報。各級地方財政部門或主管部門應(yīng)對上報項目的真實性和文件的合規(guī)性負責(zé)。項目完工后，財政部門或主管部門可組織人員對項目的技術(shù)、財務(wù)、資產(chǎn)等情況進行驗收；或委托注冊會計師事務(wù)所、工程監(jiān)理等中介機構(gòu)進行項目審計或驗收。項目審計或驗收的依據(jù)是經(jīng)財政部門或主管部門批復(fù)的預(yù)算等項目文件。

  審計部門要對農(nóng)業(yè)專項資金管理應(yīng)符合國家有關(guān)農(nóng)業(yè)和農(nóng)村經(jīng)濟發(fā)展的方針政策，符合市場經(jīng)濟體制和公共財政原則，符合科學(xué)、公正、公開和效率原則，符合資金適當集中使用的原則。為保證項目申報文件的真實、科學(xué)和完整，項目申請單位是否符合規(guī)定的資格或條件，提交項目可行性研究報告，專家項目評審報告，項目單位應(yīng)根據(jù)財政部門或主管部門批復(fù)的項目預(yù)算來實施工程。

審計部門要加強農(nóng)業(yè)專項資金的事前、事中、事后全過程進行審計監(jiān)督。對于在項目可行性研究報告和項目執(zhí)行中存在嚴重弄虛作假的項目單位，建議財政部門或主管部門取消該單位今后的申報資格，停撥項目資金或中止項目執(zhí)行。并可通過媒介對單位及負責(zé)人予以曝光。已便更好對專項資金設(shè)立、分配、使用，進行監(jiān)督。